J'ai eu le même problème que toi pour La Laideur de la lune : l'histoire alterne aussi entre chapitres au présent et au passé. J'avais pu poser la question lors d'une formation gratuite de Licares sur l'envoi aux éditeurs qu'on avait eue après les Rencontres Auteurs Éditeur des imaginales, justement. Et Lucie Castel m'avait dit d'écrire le syno en me concentrant seulement sur la ligne temporelle principale (pour moi, le présent).
J'ai donc fait ça, en faisant aussi attention à bien faire ressortir les thèmes des deux lignes temporelles dans le syno, et ça marchait plutôt bien. Et effet, en relisant l'ancienne version de mon syno qui alternait entre présent et passé, j'ai trouvé ça limite incompréhensible, a posteriori.
Tu écris un thriller avec de grandes révélations (je suppose), mais tu n'es pas obligée de délimiter dans le syno où elles surviennent. De toute façon, même si la chronologie est bouleversée, le lecteur ne va pas apprendre tout le dénouement dès le début, dans le déroulement du livre. Donc ça se tient.