Hmm, des 3 choix proposés, je penche plutôt pour « Le château de l'île volante ». Cela dit je crois que je préférerais encore un autre titre, genre simplement « L'île volante » ou « Le château volant », « L'île au dessus des nuages », ...
Mais effectivement tous ces titres m'ont directement fait penser à « Le château dans le ciel ». A toi de voir.

Personnellement je suis plutôt hostile aux "Annales", "Chroniques", "Trilogie", etc...

Je trouve cela trop pompeux en général (mais bon c'est personnel).

Du coup je penche pour "Château de l'Île volante".