Ca dépend... Certaines sont très connues... D'autre part, il ne sera pas forcément utile de les comprendre, si c'est pour donner un "aspect au personnage".
Quand aux notes de bas de page, tu peux les remplacer par... Une liste des citations employées, avec leur traduction, sur la fin du livre. Perso, je crois que je préférais ça aux "bas de page".
Tu peux aussi glisser un personnage qui comprend le latin couramment et sert de traducteur au lecteur.